El 30 de octubre de 1838, para afianzar el entendimiento con el Mariscal Gamarra, el bergantín "Arequipeño" fue devuelto al Gobierno de Perú. El Comandante de esa nave, el Capitán de Corbeta Juan Corrochano, en vez de presentar resistencia a su enemigo, se embarcó en un bote con ocho hombres y dejó abandonado su buque y tripulación.
Mientras enviaba a la fragata "Monteagudo" a someter al General Freire en Chiloé, simultáneamente Diego Portales ordenó el 13 de agosto de 1836 zarpar al bergantín "Aquiles" y a la goleta "Colo Colo" para apoderarse de los buques peruanos que se encontraban surtos en El Callao.
El Comandante de la "Peruviana",Teniente 1° Tomás Ruedas, no había recibido instrucción alguna del Gobierno de Chile, trató de zarpar inmediatamente después de una reunión con el Ministro de Guerra, pero la falta de viento lo impidió, siendo apresado junto con su tripulación y enviado a las mazmorras de las casamatas del puerto.
El 31 de diciembre de 1837 zarpaba la Escuadra desde Valparaíso a Arica con la misión de notificar oficialmente el rechazo del Tratado de Paucarpata e iniciar las acciones bélicas.
El Comandante Bynon dispuso la captura de la "Confederación". En la mañana del 19 de enero ambos buques fondeaban en la isla San Lorenzo, habiendo incorporado la Escuadra chilena otro valioso buque para sus fuerzas navales.
Dos pequeñas divisiones de fuerzas sutiles se largaban de los costados de los buques de la Escuadra. La primera a cargo del Mayor José Angulo, formada por tres lanchas cañoneras; y la segunda al mando del Teniente 1° Leoncio Señoret Montagne y compuesta por botes y lanchas de los buques.
El bergantín "Arequipeño" quedó en poder del Comandante Simpson, constatándose la muerte del Jefe de la flotilla corsaria, Juan Blanchet y del Comandante de la nave, Enrique Silvester.
El 14 de septiembre de 1837 zarpa la expedición compuesta por 17 transportes y un ejército de 3.200 hombres a Perú.
La Escuadra chilena fue recibida con manifestaciones de franca hostilidad y los esfuerzos de don Mariano Egaña no dieran resultados, finalmente se notificó de la declaración de guerra el 14 de noviembre de 1836.
Chile podía hacer frente a una contienda bélica con la Confederación, que quedaba con las corbetas "Confederación", "Socabaya" y "Libertad", bergantines "Junín", "Fundador" y "Catalina" y las goletas "Flor del Mar", "Limeña" y "Yanacocha".
La nación comprendió la necesidad de eliminar sin demora la peligrosa amenaza en el extremo norte de su territorio y es así como, sin pretensiones de expansión territorial, Chile debió recurrir a las armas como medida precautoria para asegurar su subsistencia como nación libre y soberana.